審計整改的具體流程通常包括以下幾個步驟：

　　一、制定問題清單和責任清單

　　審計項目結束后，審計主審會制定審計查出問題清單，并報送給審計部門審定。審定后的問題清單會連同審計報告一起送達被審計單位，同時抄送給審計整改組。被審計單位在收到問題清單后，需要在規定時間內(如15日內)制定責任清單并報送給審計整改組，責任清單中需要明確責任領導。

　　二、跟蹤檢查整改情況

　　審計整改組會對被審計單位的整改情況進行跟蹤檢查。這包括檢查責任清單的時限和規定是否符合要求，以及被審計單位在整改期限內推動整改的情況。如果被審計單位未在規定時間內報送整改報告及相關佐證資料且沒有提供合理說明，審計整改組會函告該單位，并要求其在一定期限內(如函告之日起15日內)完成整改報告及相關佐證資料。對函告后仍不積極配合整改工作的單位，會提請相關部門對其主要負責人或問題整改責任領導進行約談。

　　三、提交整改報告

　　被審計單位需要在規定時間內(如自收到審計報告之日起90日內)完成審計整改工作，并形成整改報告報送給審計整改組。整改報告應涵蓋對審計處理、處罰決定執行情況，對審計要求自行糾正事項的落實情況及結果，對審計建議的采納及完善制度情況，對有關責任部門和責任人追究結果情況，以及尚未整改到位的原因及限期整改和處理計劃等。整改報告還應明確立行立改、分階段整改、持續整改三類問題的歸屬，并提供具體佐證資料。

　　四、審核整改報告

　　審計整改組會及時將整改報告抄送給項目主審，項目主審會在規定時間內(如7日內)對其整改情況是否符合規定進行審核，并將審核結果提交至業務科室再次審核。業務科室也應在規定時間內(如7日內)完成審核，并將最終審核結果報送給審計整改組。對整改情況不符合規定的，審計整改組會將整改報告退回被審計單位重新整改，重新整改的時間通常不超過15日。重新整改后，被審計單位應形成新的整改報告，并由審計整改組組織復審。

　　五、審計查出問題的移交移送

　　如果審計查出的問題需要移交移送相關部門處理，審計整改組會與相關部門對接移交移送以及處理結果事宜。

　　此外，在審計整改過程中，還可能涉及一些特殊流程，如：

　　對于因不可抗力已無法整改的問題，經過會議集體審定后可以銷號。

　　對于超期限未整改的事項，可以啟動特殊銷號程序，經過相關會議研究同意后予以銷號。

　　同時，為確保審計整改的質量和效果，還可能建立一些工作機制，如“面對面”服務機制、“回頭看”檢查機制、議事機制和風險預警機制等。這些機制有助于難點問題的整改、對整改情況的跟蹤檢查、階段性整改成效的通報以及共性問題和風險的防范等。